阅读科研文献时,永利皇宫经常会看到基因工程小鼠的名称里包含着一连串字母、数字、符号、斜体以及上标。这些组成部分往往蕴含着每个小鼠独特的表型和遗传学特征。
那名称里的每个部分分别代表了什么意思呢?科学家制定的命名规则又是怎么样的呢?
小编整理了超级详细命名的规则和基因编辑鼠的一般简写方式以及命名举例。一起来看一下吧~
一、命名体系
1.近交系和远交系
近交系是经连续 20代(或以上)的同胞兄妹交配(或亲代与子代交配)繁育而成,近交系数应大于99%,品系内所有个体都可追溯到一对共同祖先。如C57BL/6J(简称B6,如图),其中,C57BL表示小鼠亲本的背景,6J表示亚种。其子代F1表示方法如图所示。
远交系是在一定群体内,以非近亲交配方式繁育的动物品系,且连续15代不从外部引入新的动物种群。如ICR小鼠和昆明小鼠。
近交系中,如果母本为C57BL/6(简称B6),父本为129S1/SvlmJ(简称129S),那么其后代F1命名为B6129SF1/J。同样的,如果图中,C57BL/6-Kdrem1(hKDR)(简称hKDR,母本)与B6-Rag2em5 /NIFDC (简称IRag2-/-,父本) 交配,那么得到的F1命名为 hKDRRag2-/-F1/NIFDC 。对于不同代的基因工程小鼠,只需将F1改为对应的代次。
2.自发突变或诱导突变
自发突变是由于生物体内的正常代谢产物或自然环境、物理、化学或生物等因素引起的突变。
诱导突变是用放射性各种化学诱变剂诱导的基因缺失和突变。
在命名时,基因全名不用斜体,基因符合常用斜体表示,都由2~4个字母和阿拉伯数字表示,首字母大写,如Es1、B2m、Myc、Tyr等。
在等位基因中,隐性基因以小写字母开头并用上标表示,显性、半显性和共显性基因的符号以大写字母开头,然后是小写字母,如Mclre表示Mclr基因的黄色隐性突变,MclrE-so 表示浅黑色显性突变。自发或诱导突变命名方法相同,在品系背景后用连字符将受影响的基因连接起来,而受影响的等位基因用上标表示,如图所示。
3.转基因模型
转基因模型是利用现代分子生物学手段,通过将外源性目的基因整合到动物基因组中,以获得表达能稳定遗传该外源基因的动物的一门技术。
命名方法如上图所示,将受体与供体的遗传背景分别用缩写表示,其中,“.”表示同源或初期同源,回交到受体近交系≥5代,Tg表示转基因(transgene),括号内表示转入基因的启动子及基因,后面是筛选所需的细胞系及实验室代码。如果使用转座子系统制备转基因小鼠,那么命名时需要在Tg后面加上Tn(transposable element),括号内包括所使用的转座子系统缩写及构建的载体结构,二者用“-”连接,如B6.Cg-TgTn(sb-lacZ,GFP)IF2Jtak/J5takRbrc,其中,sb表示sleeping beauty。
4.基因敲除/敲入模型
基因敲除/敲入是指通过一定的技术手段,将机体特定的基因失活、缺失或插入一定的外源性基因,通过同源重组,使新整合的基因获得表达的技术。基因敲除/敲入模型命名方法如图所示,其中,对于靶向修饰方式(上标),tm(targetedmutation)表示通过ES细胞打靶获得的品系,em(endonuclease-mediatedmutation)表示通过TALENs或CRISPR/Cas9等核酸酶系统介导的基因修饰品系。
二、基因编辑鼠的一般简写方式
1.基因敲除
基因敲除分别用加减号上标来表示野生型和突变型。KO(Knock out)纯合子用Gene-/-表示,如P53-/-,杂合子用Gene+/-表示,如P53+/-,野生型对照用Gene+/-或者WT(wildtype)表示。
2.基因敲入
基因敲入的简写通常将敲入的原件写在上标中,如Shh基因E177A点突变杂合子为 ShhE177 A/+,如果Shh基因敲入报告基因或Shh重组酶基因,则可以写成 ShhEGFP/+或直接写成Shh-EGFP、Shh-Cre。
3.转基因
转基因一般直接写出表达的基因结构。如Villin promoter驱动EGFP报告基因的转基因小鼠可以表示为ViI-EGFP。
4.条件性敲除
CKO(Conditional knock out)纯合子用 Geneflox/flox或Genefl/fl表示,杂合子用 Geneflox/+或Genefl/+表示。如果与体内广泛表达Cre或生殖系表达Cre工具鼠交配后获得的全身性敲除小鼠,那么可以按照敲除小鼠的规则简写。如果与组织特异性Cre小鼠交配,则可以写为Geneflox/flox;Cre。例如,Tlr5 flox小鼠分别与小肠上皮细胞(IEC)特异性Cre(Vil-Cre)、DC细胞特异性 Cre(CD11c-Cre)交配的子代中发生基因敲除的纯合子小鼠可以分别表示为Tlr5flox/flox;Vil-Cre和Tlr5flox/flox ;CD11c-Cre。
三、不同类型的模型命名举例
实验外包 想了解更多请关注:https://www.do-gene.com